1、水性防腐漆对施工过程中及材质表面清洁度要求高，因水的表面张力大，污物易使涂膜产生缩孔。
2、水性防腐漆对抗强机械作用力的分散稳定性差，输送管道内的流速急剧变化时，分散微粒被压缩成固态微粒，使涂膜产生麻点。
3、水性防腐漆对涂装设备腐蚀性大，需采用防腐蚀衬里或不锈钢材料，设备造价高。水性防腐漆对输送管道有腐蚀，使金属溶解、微粒析出，涂膜产生麻点，必须采用不锈钢管。
4、烘烤型水性防腐漆对施工环境条件要求较严格，增加了调温调湿设备的投入，同时也增大了能耗。
5、水性防腐漆水的蒸发潜热大，烘烤能量消耗大。
6、水性防腐漆沸点高的有机助溶剂等在烘烤时产生很多油烟，凝结后滴于涂膜表面影响外观。
